In september 1939 was Jerzy in Grodno, een stad die op dat moment in Polen lag. Er waren niet veel soldaten, maar veel burgers boden vrijwillig aan de stad te verdedigen in geval van een aanval. Onder hen waren veel jonge scouts en studenten, zowel jongens als meisjes.

Op 20 september 1939 vielen tanks van het Rode Leger de stad binnen. Ze waren ervan overtuigd dat Grodno snel zou vallen. Jerzy vulde molotovcocktails voor zijn oudere collega's om tanks mee uit te schakelen. Uit frustratie bonden de aanvallers kinderen aan de tanks die als menselijk schild moesten dienen. Hoewel er geen kans op overwinning was, gaf de verdediging niet op. Na afloop van het gevecht schoten de Sovjetsoldaten vele burgers die de stad hadden verdedigd dood.

Jerzy vluchtte van het door de Sovjet-Unie bezette gebied naar de gebieden van het Derde Rijk. Hij sloot zich aan bij het Thuisleger, de grootste Poolse verzetsbeweging, en speelde een rol in tal van sabotage- en ondermijningsacties. Tegen het einde van de oorlog had hij in talloze gevechten meegedaan. In augustus 1944 streed hij in Kałużówka, een ongekend grote partizanenstrijd in het zuiden van Polen. In deze strijd raakte hij gewond. Vele jaren na de oorlog herinnerde Jerzy nog het artillerievuur dat zijn eenheid had verwoest. Hij herinnerde zich hoe hij na het gevecht zijn hoofd optilde op de open plek in het bos en alleen de geur van bloed rook.

Hij besloot de strijd achter zich te laten en werd na de oorlog gearresteerd en vele jaren vervolgd door het communistische bewind.