Tijdens de bezetting opereerde hier de Geheime Staatspolizei (Gestapo, geheime politie). Als gevreesde organisatie probeerden ze hun autoriteit op de gemeenschap te vestigen en voerden ze operaties uit om iedereen te vinden die actief was in verzetsnetwerken. Verdachten werden opgepakt en hierheen gebracht voor ondervraging. Verslagen van burgers verklaarden dat ze geschreeuw en geschreeuw hoorden van mensen die gemarteld werden in cellen en verhoorkamers.

Er waren al vroeg verzetsdaden, op 9 juni 1940 werd het havengebied langs de rivier beschadigd om te voorkomen dat de bezetters het zouden gebruiken.

De Gestapo vormde netwerken van burgerlijke collaborateurs, waaronder mannen en vrouwen met verschillende achtergronden en sociale kringen. Degenen die door de Gestapo werden gebruikt, brachten verslag uit over burgerlijke zaken en degenen die verbonden waren met verzetsnetwerken. Voor degenen die door de Gestapo werden vervolgd, waren de gevolgen onder andere dat ze werden vermoord of naar interneringskampen werden gestuurd. In veel gevallen leidde dit laatste ook tot de dood, door dwangarbeid of ziekte.

Degenen die de Gestapo hielpen werden beloond, ongetwijfeld in de overtuiging dat dit hun leven gemakkelijker zou maken. Over het algemeen had het Normandische volk geen last van voedseltekorten zoals andere gebieden in Europa. De regio was rijk aan landbouw, maar er werden wel enkele beperkingen opgelegd. Er waren uitgaansverboden voor burgers en inspecties van identiteitsdocumenten. Ze probeerden hun leven gewoon voort te zetten.

Eén man die de Gestapo niet te pakken kreeg was Philippe Liewer, die in april 1943 een verzetsgroep in de stad oprichtte. Op 19 april 1944 werd het hoofdkwartier van de Gestapo vernietigd tijdens een geallieerd bombardement, waardoor er een einde kwam aan het gebruik ervan. Hun tijd in de stad naderde snel zijn einde.

In augustus trokken Canadese troepen de stad binnen. Op 31 augustus 1944 om 07.25 uur rukte de Canadese 9th Infantry Brigade oostwaarts op door Rouen. De straten waren bezaaid met vreugdevolle burgers die de bevrijding vierden na vier jaar bezetting.

Soldaten van het hoofdkwartier van de brigade hielden halt bij de Marie de Bois-Guilaume, Place de la Liberation, in de noordoostelijke buitenwijken van de stad. Voor sommige Canadese soldaten was dit de eerste keer dat ze getuige waren van repercussies voor diegenen die hadden gecollaboreerd. Een vermeende collaborateur werd voor de mensen neergezet, begroet met hoongelach en de mensen begonnen te juichen toen haar haar werd afgeknipt. Dit was om aan iedereen te laten zien dat ze had gecollaboreerd, een actie die tijdens de bevrijding in veel steden in heel Europa werd herhaald.

Jarenlang deed de plaatselijke politie onderzoek naar mensen die van belang waren voor collaboratie tegen Frankrijk tijdens de oorlog, en degenen die schuldig werden bevonden, werden vervolgd.