Vanaf het begin van de Duitse bezetting in 1940 mochten de klokken niet meer geluid worden.  
In juni 1941 werd een bevel uitgevaardigd dat metalen voorwerpen zoals lood, koper en tin moesten worden ingeleverd, maar o.a. kerkklokken vielen daar toen niet onder. Omdat in de loop van de oorlog de metalen zeer schaars werden, werd die uitzondering in de herfst van 1942 ingetrokken. Op onttrekking stond een sanctie oplopend tot een gevangenisstraf van 5 jaar. 

In totaal zijn in Nederland 6700 klokken uit hun torens gehaald. 
 
Op 11 maart 1943 werden de klokken uit de toen van de R.K. kerk gehaald. 12 maart volgden de klokken van de Raadhuistoren en op 12 april onderging de klok van de N.H. kerk hetzelfde lot.  

De klok van het vroegere kantongerechtsgebouw, in de Volksmond het “Havenmantsje”, was al eerder verdwenen toen het door de Duitsers bovenste stuk van de toren werd gesloopt. 

Na de oorlog bleek dat niet alle klokken al waren omgesmolten. 150  klokken van allerlei formaat en uit heel Friesland werden op zondag 18 november 1945 weer aangevoerd in de haven van Harlingen. Maandags werd dit historische feit op plechtige wijze herdacht. En, zoals gebruikelijk, voerde een rij aan sprekers daarbij het woord.   

De klok van het “Havenmantsje”, daterend uit 1562, is in 1947 in Frankrijk (!)  aangetroffen en is nadien weer teruggeplaatst.  

Uiteindelijk bleek dat alleen de klokken van de RK Kerk al waren omgesmolten. Voor dit verlies was een schadevergoeding per kilo vastgesteld en zo werd voor deze geroofde klokken een schadevergoeding van ƒ 3117,- betaald, vermeerderd met ƒ 590,90 rente, bij lange na niet genoeg om nieuwe klokken van te laten gieten.