Voordat de Duitsers de St. Joseph Stichting op het voormalige landgoed ‘Hohenheim’ vorderen, functioneert het complex als een verpleeginstelling voor rooms-katholieke ‘geesteszieken’ die hier wonen en - indien mogelijk - ook werken. Het krijgt de naam ‘Kriegslazarett 4/686’ en is naast die in Arnhem een van de twee officiële ‘Kriegslazarette’ in Gelderland. In tegenstelling tot andere Duitse noodhospitalen worden hier ook chirurgische ingrepen uitgevoerd.

Na de mislukte bevrijdingsoperatie Operatie Market Garden in september 1944 worden gewonde Britse parachutisten aanvankelijk verzorgd in het geïmproviseerde Airborne Military Hospital in de Koning Willem III-kazerne in Apeldoorn. Als ze een paar weken later als krijgsgevangen naar Duitse kampen zijn afgevoerd, worden de achterblijvende gewonden overgeplaatst naar het Kriegslazarett aan de Deventerstraat. De Britse majoor Simon M. Frazer van een medische eenheid van het Britse leger mag blijven om de gewonden te verzorgen - dit heeft hij afgedwongn bij de Duitse leiding. Hij doet dit samen met vijf verplegers van dezelfde eenheid: Fred Budd, Geoffrey Owen, Norman Mawditt, Phil Jackson en Parker.

In het Kriegslazarett worden ook Nederlandse burgers verpleegd. Verzetsman Johannes Arnoldus (Jan) van Bijnen - schuilnaam Frank - uit Oosterhout raakt op 29 november 1944 tijdens een bevrijdingsactie van verzetsmensen uit de Willem III-kazerne zwaargewond tijdens een vuurgevecht met de Duitsers. Kort daarna overlijdt hij op 1 december 1944 aan zijn verwondingen. De Amerikaanse co-piloot Ned Benedict dreigt op 14 februari 1945 met zijn volgeladen bommenwerper te crashen op bebouwing in het Noord-Hollandse Wormerveer, maar weet het te laten crashen in de weilanden. Ned en twee van zijn bemanningsleden zijn in het Kriegslazarett in Apeldoorn verzorgd aan hun (brand)wonden. Ned maakt de bevrijding in april 1945 mee.

Een van de patiënten is de Oostenrijker Hanns Albin Rauter, hoofd van de SS en het politieapparaat in Nederland. Ten zuiden van Apeldoorn, bij het gehucht Woeste Hoeve, wordt in de nacht van 6 maart 1945 de auto waarin Rauter zit, doorzeefd met tweehonderd kogels. Zijn chauffeur en adjudant komen om het leven, maar Rauter zelf overleeft de vergissing-aanslag. Hij wordt de volgende ochtend om negen uur zwaargewond in het Kriegslazarett opgenomen en krijgt twee liter bloed toegediend, hetgeen zijn leven redt. Als represaillemaatregel worden een dag later 263 mannen geëxecuteerd, waarvan 117 bij Woeste Hoeve.

Op 13 april 1945 bevrijden de Canadezen het ziekenhuis na uitschakeling van twee Duitse sluipschutters. Ze treffen 789 patiënten aan, waaronder ook Canadezen die tijdens eerdere gevechten in Roermond en het Duitse Kleef gewond zijn geraakt. Een geallieerde officier stelt de Duitse medische staf netjes op voor het gebouw en draagt de officieren en verplegers over aan de Canadezen. Al gauw komen ongeveer negenhonderd burgers naar het complex om te schuilen voor het oorlogsgeweld en om hun wonden te laten behandelen. Op 14 april wordt het ziekenhuis voor een aantal dagen een commandopost van de Canadezen omdat Villa Laag Buurlo is getroffen door een Duitse granaat. Op 28 april worden gewonde geallieerde militairen naar het Verenigd Koninkrijk getransporteerd.