Bij zijn terugkeer naar het nieuw opgerichte Tsjecho-Slowakije in 1920 ontmoette Jan Bejbl zijn levenspartner, Antonie Chalupová, en ze trouwden op 10 februari 1923.

Jan werd lid van de politie bij het directoraat Politie in Bratislava. Hier ontmoette hij collega Václav Král en postbeambte Václav Růta, een ontmoeting die van invloed was op het lot van zowel Jan als Antonie. Na het uiteenvallen van Tsjecho-Slowakije in 1939 verliet het gezin hun appartement in Bratislava en verhuisde naar Pilsen, waar ze Václav Král opnieuw ontmoetten. Beide mannen waren actief betrokken bij verzetsactiviteiten die zich in Pilsen begonnen te ontwikkelen na de nazi-bezetting van de Tweede Wereldoorlog.

Jan was betrokken bij Operatie Anthropoid, de beroemde moordaanslag op Reichsprotektor (gouverneur) Reinhard Heydrich, een belangrijke nazi-functionaris uit Duitsland. Op 31 december 1941 bracht Václav Král de parachutisten Jan Kubiš en Josef Gabčík over naar het appartement van Bejbls in Pilsen. Jan regelde een verbinding met Praag en gaf Kubiš en Gabčík het adres van zijn oude vriend Václav Růta.

In april 1942 nam Jan actief deel aan de voorbereiding van Operatie Canonbury, een geallieerd bombardement op de Škoda wapenfabriek in Pilsen. Nadat de plannen mislukten, verborgen Jan en Václav Král parachutist en radiotelegrafist Oldřich Dvořák in een politiecel in Pilsen om hem te beschermen. Verzetslid Karel Čurda verscheen in die tijd ook in Pilsen.

Op 16 juni meldde Čurda zich bij het hoofdkwartier van de Gestapo in Praag en gaf de adressen van al zijn aanhangers op. Op 17 juni arresteerden medewerkers van de Gestapo in Pilsen de families van Václav Král, Vojtěch Kučera, Aloise Hrdličková en Jan Bejbl. Ze werden nog dezelfde dag naar Praag gebracht, waar ze werden ondervraagd in het hoofdkwartier van de Gestapo in de Bredovská Straat. In september 1942 werden ze overgebracht naar de Gestapo gevangenis in het Kleine Fort van Terezín. Daar wachtten ze op de uitspraak van de krijgsraad. Op 29 september 1942 werden Jan Bejbl en Antonie Bejblová ter dood veroordeeld. Het vonnis werd uitgevoerd op 24 oktober 1942, met een schot in het achterhoofd. Antonie werd om 08:44 doodgeschoten, als achtste van de groep vrouwen. Haar man werd gedood om 16:54 uur.

Een plaquette op deze locatie eert hun nagedachtenis.