Op 22 november 1944 werd hij opgepakt tijdens een vergadering met meerdere knokploegleiders in Utrecht bij de Kamer van Koophandel. Hij werd gevangen gehouden op de koning Willem III kazerne te Apeldoorn. Gedurende 10 dagen werd hij hevig gemarteld, maar hij gaf geen krimp. Op 2 december 1944 werd hij samen met 14 andere verzetsstrijders en een Amerikaanse krijgsgevangene gefusilleerd. Ze werden begraven op de begraafplaats ‘Heidenhof’ te Ughelen.

Johannes van Zanten is als verzetsstrijder tijdens de Tweede Wereldoorlog van grote betekenis geweest. Een bekende heldendaad van hem was de zogenaamde zegeltjesroof in Tilburg samen met de knokploeg van Soest. Dankzij de veroverde zegeltjes konden veel onderduikers aan voedsel worden geholpen.

Een tweede belangrijk wapenfeit van Johannes was de redding van 16 para’s, die nabij Opheusden het vliegtuig nog net op tijd konden verlaten bij een  noodlanding. Ze werden opgevangen door de verzetsgroep van Johannes en ondergebracht op de boerderij de Hazenhof te Kesteren. Na drie nachten werden ze de Waal overgezet bij IJzendoorn naar bevrijd gebied.

Zoals aangegeven eindigde zijn leven op dramatische wijze op 2 december 1944 op de koning Willem III kazerne te Apeldoorn. Bij de kazerne is een zogenaamd keienmonument gerealiseerd ter nagedachtenis aan 15 verzetsstrijders en de omgekomen Amerikaanse krijgsgevangene. Jaarlijks vindt er op de vrijdag voorafgaand aan 2 december een herdenking plaats.

Het leven van Johannes van Zanten wordt beschreven in een boek van Conny van der Heyden-Versnel, getiteld ‘Ten onrechte beschuldigd’.

Na de oorlog werd Johannes van Zanten op 3 juli 1945 herbegraven op de oude begraafplaats in Kesteren. Het monument bij het graf bestaat uit een afgebroken zuil, die het plotselinge afgebroken leven symboliseert. Bij zijn graf vindt jaarlijks op 4 mei in Kesteren de dodenherdenking plaats.