Honderden Joden uit het westen van het land zijn tijdens de Tweede Wereldoorlog tussen 1942 en 1944 vanuit het westen van het land met de Jan van Nieveen naar Fryslân gesmokkeld, van Amsterdam over het IJsselmeer naar Lemmer. Onder hen ook veel van de 210 Amsterdamse ‘crèchekinderen’. Ze moesten soms onder de banken en achter de bagage. Of ze moesten soms als het gevaarlijk werd verkleed worden. Kapitein Haije Bouwman wist er wel van, maar deed net alsof hij niks in de gaten had.  

Vanuit Lemmer was er een route naar Sneek en ook naar Leeuwarden. In Sneek vingen de doopsgezinde dominee, zijn vrouw en de kapelaan de kinderen op en regelden onderdak via de doopsgezinde geloofsgemeenschappen van Sneek en Leeuwarden. De kinderen werden in heel Friesland bij gastgezinnen ondergebracht, waar zij tot het einde van de oorlog verbleven.  

Naast het vervoeren van 'smokkelkinderen' naar Friesland, speelde de Friese scheepvaart ook een belangrijke rol in de Hongerwinter. Veelal jonge hongerevacuées uit het westen van Nederland maakten de oversteek over het IJsselmeer, om in Friesland te worden opgevangen. Vice versa werd vanuit Friesland ook voedsel naar het hongerende westen gestuurd, bijvoorbeeld duizend door het verzet gestolen kazen die door de bezetters waren bestemd voor Duitsland.  

Tegen het einde van de oorlog gebruikten veel Duitse militairen de schepen tussen Friesland en Amsterdam om voor de oprukkende Canadezen te vluchten. 

Ook werden schepen soms gebruikt als sabotagemateriaal, zoals bijvoorbeeld bij Kingmatille, waar een schuit door het verzet tot zinken werd gebracht om de vaarweg tussen Leeuwarden en Harlingen te versperren.  

In Burgum speelden Friese schepen een bijzondere rol toen ze, zeven stuks in totaal, een noodbrug moesten vormen om de verwoeste brug bij de Burgumerdaam te vervangen. 

Het Fries Scheepvaartmuseum is een museum over de geschiedenis van de scheepvaart in Friesland, de ijssporten en de historie van de stad Sneek. Het pand aan het Kleinzand werd tijdens de oorlog bewoond door de familie Lever. Vader Hendrik Jacob, moeder Berendiena, zoons Jan en Henk en dochter Meta waren allemaal actief in het verzet. Ze verspreidden illegale bladen en hielpen Joodse landgenoten aan een onderduikplek. Voor de mannelijke gezinsleden is dit fataal afgelopen. Vader Hendrik is in Dachau om het leven gekomen, zoon Jan sneuvelde bij een vuurgevecht in Eenum (Groningen) en het leven van Henk werd beëindigd voor het vuurpeloton in Kamp Vught.