In juni 1940 kwam de eerste lichting militairen de uitkijkpost bouwen op de middendijk. Ze maakten een acht meter hoge toren en een bemanningsverblijf dat deels in de dijk was verzonken. De zeven mannen en een onderofficier waren al wat ouder; niet geschikt voor het front, maar wel voor rustige, doch belangrijke taken. In april 1941 werd de groep afgelost door een andere eenheid.

De Fluwa van Warffum bood rondom vrij zicht en de bemanning kon alles zien wat vanuit het westen (Engeland) in de richting vloog van de Duitse steden Emden, Wilhelmshaven, Bremen, Hamburg en Kiel. De diensten van de bemanning duurden twaalf uur; ze werkten met z'n vieren tegelijk terwijl de andere vier rustten. De Duitsers van de Fluwa probeerden een goede verstandhouding met de lokale bevolking te behouden. Ze gingen regelmatig naar het café in Warffum, deden er boodschappen en ondernamen kleine toeristische uitstapjes. Ook trokken ze de polders in om te jagen of zwemmen. De uitkijkpost was geen verboden terrein voor de Warffumer jeugd: kinderen uit de polder die in het dorp naar school gingen, mochten over het terrein lopen voor een kortere route naar het dorp.

In maart 1942 kreeg de Fluwa Warffum, net als andere Flugwaches in Nederland, het bevel om zich gereed te maken voor mogelijke verdediging van de locatie. In Frankrijk was een soortgelijke post overvallen en er was waardevolle informatie in handen van de geallieerden terechtgekomen. Fluwa Warffum moest voorzien worden van prikkeldraadversperringen, een mitrailleurnest en een bunker. Ook moest de bemanning een omsingeling kunnen doorstaan en dus voorraden hebben en een eigen drinkwatervoorziening. De uitvoering van de plannen liet op zich wachten tot de zomer van 1943. 

Om de bunker kwam prikkeldraad te liggen en bij de weg stond een bord: 'Op burgers, die zich zonder bewijs bei deze stellingen ophouden word scherp geschoten.' De schoolkinderen mochten echter nog steeds gewoon langslopen. De Fluwa Warffum bleef in gebruik tot oktober 1944. Toen nam de moderne radarstelling Gazelle bij Veendam een groot deel van de taken over. De Fluwabunker bij Warffum kreeg waarschijnlijk een andere functie als verdedigbare stelling. Op een luchtfoto uit 1945 zijn vier geschutsstellingen naast de bunker te zien, die de Duitsers zouden kunnen inzetten tegen de geallieerden. De stelling is echter nooit helemaal gereedgekomen en bewapend.

Toen de Duitsers zich tijdens de gevechten om de stad Groningen terugtrokken in de richting van Delfzijl, probeerden ze de Fluwa Warffum te vernietigen. Ze gooiden handgranaten in de bunker, maar die raakte slechts licht beschadigd. In hun haast ondernamen ze geen tweede poging meer. Na de bevrijding gebruikten Canadese soldaten in Warffum de bunker regelmatig om de vrijheid te 'vieren' met Nederlandse meisjes. In 1955 werd de bunker gesloopt. In diezelfde tijd verscheen vlakbij de locatie van de Fluwa een Luchtwachttoren, die in het kader van de Koude Oorlog Russische vliegtuigen moest observeren. De locatie van de Fluwa was dus buitengewoon gunstig.

Bron: Ties Groenewold, Flugwache Warffum, over een onbekende stelling in de Noordpolder