Aan het begin van de bezetting van Pilsen werd de synagoge gebruikt als opslagplaats voor in beslag genomen Joodse eigendommen. Later werd het gebruikt als fabriek voor de productie van uniformen voor Duitse soldaten.

Na de Tweede Wereldoorlog werd het teruggegeven aan de Joodse gemeenschap van Pilsen en tot 1973 gebruikt als gebedshuis. In 1973 werd het geclassificeerd als een historisch monument en werd het gedeeltelijk gereconstrueerd. Tijdens de restauratie werd ontdekt dat er een kogel vastzat in een van de tabletten van de Tien Geboden naast "Gij zult niet doden" - een overblijfsel van de strijd om de bevrijding van de stad in 1945.

Achter de synagoge in het park dat vernoemd is naar de in Pilsen geboren acteur Miroslav Horníček, staat een mini-monument dat gemaakt is van de onderdelen van de originele pylonen van het "Dank u, Amerika!" monument in het centrum van Pilsen.