Cette salle de concert du 19^e siècle a été restaurée au début de la guerre. Une fois la salle rouverte le 20 mai 1941, les occupants allemands l’utilisaient fréquemment, ainsi que ses installations. Au début du mois de novembre 1941, par exemple, une grande réunion du « Arbeitsbereich » du parti nazi (NSDAP) aux Pays-Bas s’est tenue dans le bâtiment, au cours de laquelle Seyss Inquart, entre autres, a pris la parole. En janvier de l’année suivante, un concert a été organisé pour le Winterhulp (Secours d’Hiver), une campagne de propagande mise en place par le NSB (parti national-socialiste néerlandais) et fondée sur des idées allemandes pour récolter de l’argent afin d’acheter des biens pour les pauvres et les aider à passer l’hiver. En avril, une grande cérémonie a été organisée pour accueillir les filles et garçons âgés de 10 ans dans les Jeunesses hitlériennes et la Bund der Deutsche Mädel (Ligue des jeunes filles allemandes). L’événement était prévu pour la veille de l’anniversaire d’Hitler. En octobre 1942, une autre réunion du NSDAP a lieu au Musis Sacrum en la présence de Seyss Inquart. Anton Mussert, du NSB, a également assisté à des réunions organisées dans ce bâtiment. La guerre se poursuit.

En plus de servir de lieu de réunion aux occupants, ce bâtiment était également utilisé par les Allemands comme bâtiment récréatif, ou « Wehrmachtsheim » en allemand. Les soldats allemands pouvaient s’y rendre pour se détendre, notamment grâce à des projections de films et des spectacles.

Pendant la bataille d’Arnhem, le Musis Sacrum a pris une fonction complètement différente. En raison de la conception du bâtiment et de sa proximité avec la zone de combat autour du pont, les Britanniques capturés y ont été rassemblés à partir du mardi 19 septembre 1944. Le Musis Sacrum ne fut pas le seul bâtiment à recevoir cette fonction : des Britanniques ont également été emprisonnés dans l’église Saint-Eusèbe, la basilique Sainte-Walburge et la Maison du Diable. Quelques jours plus tard, le jeudi 21 septembre, alors les combats autour du pont avaient cessé et que les Britanniques s’étaient rendus, les soldats britanniques ont été rassemblés dans le Musis Sacrum avant d’être emmenés vers leur lieu d’emprisonnement.