Pendant l'occupation, la Geheime Staatspolizei (Gestapo, police secrète) opérait ici. Organisation redoutée, elle a tenté d'imposer son autorité à la population locale, en menant des opérations pour trouver toute personne active dans les réseaux de résistance. Les suspects étaient arrêtés et amenés ici pour être interrogés. Des civils ont déclaré avoir entendu des cris et des pleurs des personnes torturées dans les cellules et les salles d'interrogatoire.

Le 9 juin 1940, la zone des docks le long du fleuve fut endommagée afin d'empêcher les occupants de l'utiliser.

La Gestapo a formé des réseaux de collaborateurs civils, comprenant des hommes et des femmes de différents milieux et cercles sociaux. Ceux qui étaient utilisés par la Gestapo faisaient des rapports sur les affaires civiles, tout comme ceux qui étaient liés à des réseaux de résistance. Pour les personnes persécutées par la Gestapo, les conséquences comprenaient l'assassinat ou l'envoi dans des camps d'internement. Dans de nombreux cas, cette dernière option conduisait également à la mort, par des travaux forcés ou des maladies.

Ceux qui aident la Gestapo sont récompensés, pensant sans doute que cela leur facilitera la vie. En général, le peuple normand n'a pas souffert de pénuries alimentaires comme d'autres régions d'Europe, la région étant riche en agriculture. Toutefois certaines restrictions sont mises en place. Des couvre-feux ont été instaurés pour les civils et des contrôles de documents d'identité ont été effectués.

Un homme que la Gestapo n'a pas pu attraper est Philippe Liewer, qui a créé un groupe de résistance dans la ville en avril 1943. Le 19 avril 1944, le bâtiment du quartier général de la Gestapo est détruit lors d'un bombardement allié, ce qui met fin à son utilisation. Leur séjour dans la ville touche rapidement à sa fin.

En août, les forces canadiennes entrent dans la ville. Le 31 août 1944 à 7 h 25, la 9e brigade d'infanterie canadienne avance vers l'est à travers Rouen. Les rues sont bordées de civils joyeux qui célèbrent la libération après quatre années d'occupation.

Les soldats du quartier général de la brigade s'arrêtèrent à la Marie de Bois-Guilaume, place de la Libération, dans les faubourgs nord-est de la ville. Pour certains soldats canadiens, c'est la première fois qu'ils sont témoins des répercussions pour ceux qui ont collaboré. Une collaboratrice présumée est exhibée devant les gens, accueillie par des huées, et les gens commencent à applaudir lorsqu'on lui coupe les cheveux. C'était pour montrer à tous qu'elle avait collaboré, une action qui s'est répétée dans de nombreuses villes d'Europe pendant la libération.

Pendant les années qui ont suivi, la police locale a enquêté sur des personnes d'intérêt pour collaboration avec la France pendant la guerre, et des poursuites ont été engagées contre les personnes reconnues coupables.