Dunkerque est l'une des dernières places fortes encore contrôlées par les forces allemandes dans le nord de la France. Sous le commandement de l'amiral Friedrich Frisius, une garnison de 6 000 hommes, dont 2 000 SS, tient la ville, déterminée à résister coûte que coûte. Pour entraver l'avancée des forces alliées, les Allemands ont inondé les marais des Moëres environnants dès février 1944 et évacué de force les civils, en particulier les personnes âgées et les enfants.

Alors que les troupes canadiennes et les Forces françaises de l'intérieur (FFI) se rapprochent de la ville en septembre 1944, la poche de Dunkerque se réduit progressivement. Les Alliés libèrent Bourbourg et Gravelines le 7 septembre, Loon-Plage le 9 septembre et La Panne en Belgique le 10 septembre. Cependant, les progrès sont lents en raison du terrain difficile et des fortes défenses allemandes. Malgré l'aggravation de la situation pour les troupes allemandes, les actes de violence des forces d'occupation se poursuivent. Le 6 septembre, six membres des FFI capturés sont exécutés au Fort des Dunes à Leffrinckoucke. Plus tard, le 16 septembre, les forces allemandes en retraite font sauter des explosifs à Bergues, tuant 42 civils.

Les Canadiens avaient initialement prévu un assaut de grande envergure sur Dunkerque, mais ils ont abandonné l'idée en raison des défenses de la ville et de la nécessité d'obtenir des renforts aux Pays-Bas. Au lieu de cela, seule l'artillerie canadienne est restée en position, tandis que la 4e brigade de service spécial a pris le relais. Cette unité est ensuite remplacée par la Brigade blindée indépendante tchécoslovaque du général Alois Liška, soutenue par des résistants français.

Début octobre 1944,une trêve temporaire de 60 heures permet à 18 000 civils - que les Allemands qualifient de "bouches inutiles" - de fuir la ville assiégée. Cependant, les forces allemandes, suivant les ordres de Frisius, continuent de résister. Le siège de Dunkerque se prolonge pendant l'hiver, avec de lourdes pertes dans les deux camps. Ce n'est que le 8 mai 1945, jour de la capitulation de l'Allemagne, que Frisius reçoit enfin l'ordre de cesser le combat. Le lendemain, il négocie les conditions de la reddition avec le général Liška, acceptant de déposer les armes, d'évacuer la ville et de libérer les prisonniers militaires et civils.

Dunkerque est la dernière ville de la région à être libérée. La bataille a laissé d'importantes destructions, avec des milliers de mines laissées par les forces allemandes en retraite. Par la suite, l'armée française a pris en charge la sécurité de la ville tandis que les forces britanniques détenaient Frisius. Le siège prolongé a entraîné la mort de 117 Alliés, la disparition de 26 soldats et plus de 240 blessés graves.