De nombreux soldats allemands ont fui vers le nord des Pays-Bas en passant par Harlingen, dans les derniers jours précédant la libération. Le nord des Pays-Bas faisait partie de la "Festung Holland" (Forteresse Hollande), un concept de défense stratégique et une zone fortifiée aux Pays-Bas destinés à protéger le port de Rotterdam et d'autres infrastructures vitales d'une éventuelle invasion alliée pendant la Seconde Guerre mondiale. Les soldats se sont échappés à pieds et avec des véhicules par le pont-jetée Afsluitdijk, ainsi que par bateau en passant par le port de Harlingen.

Après la capitulation de l'Allemagne nazie, le port a été utilisé pour transporter les prisonniers de guerre allemands du nord des Pays-Bas vers l'Allemagne. La région de la Frise se trouvait sur cet itinéraire. Sur les quelques 140 000 prisonniers de guerre, environ 25 000 ont été transférés de la municipalité de Den Helder à Harlingen par bateaux et péniches de débarquement le 21 mai 1945.

Entre le 25 mai et le 5 juin 1945, la plupart des prisonniers furent escortés par des unités canadiennes en grands groupes à travers le pont-jetée Afsluitdijk vers la Frise. Une halte a été effectuée dans la région située entre les villages de Zurich, Witmarsum et Pingjum. La marche s'est ensuite poursuivie vers l'Allemagne en passant par les villes de Bolsward et Sneek, et les villages d'Akkrum, Beetsterzwaag, Siegerswoude et Bakkeveen.

Le port de Harlingen fut également utilisé pour transférer les collaborateurs néerlandais qui avaient fui à Terschelling vers divers camps d'internement. C'est le cas de P.J.E. Dekker, maire de Harlingen et membre du Nationaal-Socialistische Beweging (Mouvement national-socialiste). Il s'était échappé à Terschelling mais fut ramené à terre à cet endroit.