Dès le début de l'occupation allemande en 1940, les cloches n'ont plus été autorisées à sonner.

En juin 1941, un ordre a été donné pour que les objets métalliques tels que le plomb, le cuivre et l'étain soient restitués, mais les cloches d'église n'étaient pas concernées à l'époque. Les métaux s'étant raréfiés pendant la guerre, cette exemption a été supprimée à l'automne 1942. Le refus était passible d'une peine d'emprisonnement pouvant aller jusqu'à cinq ans.

Aux Pays-Bas, un total de 6 700 cloches ont été retirées de leurs tours, y compris dans la municipalité de Harlingen. Le 11 mars 1943, les cloches de l'ancienne église catholique romaine sont enlevées. Le 12 mars, les cloches de la tour des Chambres de la ville ont suivi, et le 12 avril, la cloche de l'Église réformée néerlandaise a subi le même sort.

La cloche de l'ancien tribunal de district, connu sous le nom de "Havenmantsje", avait déjà disparu lorsque la partie supérieure de la tour avait été démolie par les forces allemandes.

Après la guerre, il s'est avéré que toutes les cloches n'avaient pas été fondues. Le dimanche 18 novembre 1945, 150 cloches de toutes tailles et provenant de toute la Frise ont été ramenées au port de Harlingen. Ce lundi-là, l'événement historique a été solennellement commémoré lors d'une cérémonie à laquelle ont participé de nombreux orateurs. Entre-temps, l'horloge "Havenmantsje", datant de 1562, a été retrouvée en France en 1947, puis restituée.

Finalement, il s'est avéré que seules les cloches de l'Église catholique romaine avaient été fondues. Pour cette perte, une indemnité par kilo fut fixée, et c'est ainsi qu'une indemnité de 3117 florins néerlandais (la monnaie de l'époque), plus 590,90 d'intérêts, fut payée pour ces cloches pillées, ce qui était loin d'être suffisant pour faire couler de nouvelles cloches à partir de celles-ci.