À son retour dans la Tchécoslovaquie nouvellement créée en 1920, Jan Bejbl a rencontré sa compagne, Antonie Chalupová, et ils se sont mariés le 10 février 1923.

Jan est devenu membre de la police à la Direction de la police de Bratislava. C'est là qu'il rencontre son collègue Václav Král et l'employé des postes Václav Růta, une rencontre qui a un impact sur le destin de Jan et d'Antonie. Après l'éclatement de la Tchécoslovaquie en 1939, la famille quitte son appartement de Bratislava et s'installe à Pilsen, où elle retrouve Václav Král. Les deux hommes ont participé activement aux activités de la Résistance, qui ont commencé à se développer à Pilsen après l'occupation nazie de la Seconde Guerre mondiale.

Jan a participé à l'opération Anthropoid, la célèbre tentative d'assassinat du Reichsprotektor (gouverneur) Reinhard Heydrich, un haut fonctionnaire nazi d'Allemagne. Le 31 décembre 1941, Václav Král transfère les parachutistes Jan Kubiš et Josef Gabčík dans l'appartement des Bejbls à Pilsen. Jan a organisé une liaison avec Prague, donnant à Kubiš et Gabčík l'adresse de son vieil ami, Václav Růta.

En avril 1942, Jan a participé activement à la préparation de l'opération Canonbury, un bombardement allié sur l'usine d'armement Škoda de Pilsen. Les plans ayant échoué, Jan et Václav Král cachent le parachutiste et opérateur radio Oldřich Dvořák dans une cellule de la prison de la police de Pilsen pour le protéger. Le résistant Karel Čurda apparaît également à Pilsen à cette époque.

Le 16 juin, Čurda se présente au siège de la Gestapo à Prague et donne les adresses de tous ses partisans. Le 17 juin, des employés de la Gestapo de Pilsen arrêtent les familles de Václav Král, Vojtěch Kučera, Aloïse Hrdličková et Jan Bejbl.  ; Ils sont emmenés à Prague le même jour, où ils sont interrogés au siège de la Gestapo, rue Bredovská. En septembre 1942, ils sont transférés à la prison de la Gestapo dans la petite forteresse de Terezín. Ils y attendent le verdict de la cour martiale. Le 29 septembre 1942, Jan Bejbl et Antonie Bejblová sont condamnés à mort. La sentence a été exécutée le 24 octobre 1942, d'une balle dans la nuque. Antonie a été abattue à 8h44, la huitième du groupe de femmes. Son mari a été tué à 16:54.

Une plaque à cet endroit honore leur mémoire.