Dès le début de la guerre, certains pays boycottent Pilsner Urquell en tant que produit allemand, les exportations sont donc dirigées exclusivement vers l'Allemagne. La brasserie produisait une "bière de guerre faible" et ne survivait que parce qu'elle fournissait de la bière aux ouvriers des usines Škoda.

Pendant la guerre, des constructions de protection appelées "Splitterschutzzelle" (tours d'observation) ou "Einmannbunker" (bunker pour un homme) ont été construites dans chacune de ces brasseries. Simples cylindres en béton préfabriqué dotés d'ouvertures étroites, elles comptaient probablement parmi les premières structures fortifiées préfabriquées. Elles ne constituaient pas un abri adéquat lors des raids aériens, mais servaient de tours d'observation pour les patrouilles postées.

Vers la fin de la guerre, Pilsen a subi des bombardements et les deux brasseries ont été largement endommagées tandis que la Gambrinus a été presque entièrement détruite. Après la fin des bombardements, les patrouilles de pompiers ont utilisé ces tours d'observation pour surveiller les résultats du raid aérien et pour aider à localiser les bombes non explosées.