Am 2. November ging die Schlacht in Vlissingen in ihren zweiten Tag. Ziel der Alliierten war es, den Rest der Stadt zu erobern. Der Vormarsch verlief zu Beginn gut, obwohl mehrere Kommandoeinheiten in heftige Straßenkämpfe mit deutschen Einheiten verwickelt wurden. Am späten Nachmittag hatten die Alliierten den Großteil der Altstadt unter Kontrolle. Schottischen Einheiten gelang es auch, die neueren Viertel von Vlissingen zu befreien, während französische Truppen den schweren Bunker an der Kreuzung Coosje Buskenstraat, Boulevard Evertsen und Boulevard de Ruyter besetzten. Nach längerem Beschuss kapitulierten die deutschen Truppen.

Wegen der schweren Kämpfe und des Granatbeschusses, hatten viele Bürger Vlissingens Zuflucht in den Kellern des Hauptquartiers der Reederei De Schelde und des Sint-Joseph-Krankenhauses in der Nähe der Werft gesucht. Über das Telefon des niederländischen Luftschutzdienstes gelang es ihnen schließlich, mit den alliierten Heeresführern in Kontakt zu treten. Es wurde eine Vereinbarung getroffen, eine halbe Stunde lang nicht zu schießen. Infolgedessen konnten etwa 400 Menschen in den bereits befreiten Teil von Vlissingen fliehen. Ein großer Teil von ihnen wurde anschließend mit Landungsbooten nach Breskens evakuiert. Nun war der Weg frei, um das deutsche Hauptquartier, das Hotel Britannia am Boulevard Bankert, zu erreichen.

Am 3. November kam es zu einer erbitterten letzten Schlacht. Einheiten der King's Own Scottish Borderers kämpften sich durch die Straßen in den nördlichen Teil der Stadt vor, während das 4. Commando und die 7. und 9. Royal Scotts den deutschen Widerstand entlang der Boulevards im Westen und in Richtung des Hotel Britannia auflösten. Großteile der Landseite des Hotels waren überflutet worden, sodass es für die Kommandos schwierig war, sich dem Hotel zu nähern. Mit einem letzten Angriff gelang es den Royal Scots, das Hotel einzunehmen. Achtzehn Schotten und 50 Deutsche verloren in der Schlacht um das Hotel Britannia ihr Leben. Von dem Hotel blieb nicht viel übrig, außer Ruinen. 

Vlissingen wurde befreit, ging aber schwer beschädigt aus der Schlacht hervor. Von den 6.200 Häusern wurden mehr als 2.000 zerstört oder schwer beschädigt. Mehr als 2.000 Häuser standen unter Wasser. Nur 2.150 Häuser waren am Ende noch bewohnbar. In der Walstraat, der wichtigsten Einkaufsstraße von Vlissingen, überstand nur ein einziges Gebäude den Krieg unbeschadet.